La Cellule est gérée quotidiennement par un Directeur Général assisté par des Directeurs, tous nommés par décret sur proposition du Ministre en charge des finances.
La Cellule comprend une Direction Générale et cinq Directions à savoir :
La Direction de l’Analyse;
La Direction de la Coopération Nationale et Internationale;
La Direction des Systèmes d’Information;
La Direction des Affaires Juridiques et de la Conformité;
La Direction de l’Administration et Finances.